雍（よう）国の礼（れい）部侍郎（じろう）・蘭珏（らんかく）は、亡き父の汚名をそそぐという悲願のために朝廷で暗躍していた。彼はある密書を奪還する計画の途中、偶然居合わせた麺売りの張屏（ちょうへい）にその手口を見破られ、阻まれてしまう。大理寺（だいりじ）に入ることを夢見る張屏は、科挙試験のために都にやってきた書生で、実は隠れた名探偵でもあった。出会った当初は相容れなかった2人だが、共に不可思議な難事件に立ち向かううち、だんだん距離を縮めていく。やがて幾つもの事件の謎は1つに繋がり、次第に蘭珏の父の冤罪（えんざい）事件の核心に近づいていくことに。だがそこには、彼らの運命を揺るがす衝撃の真実が潜んでいた…。

雍（よう）国の礼（れい）部侍郎（じろう）・蘭珏（らんかく）は、都の大福（たいふく）市にある酒楼で旅の商人・洪羅（こうら）が来るのを待ち構えていた。各国をめぐり機密を売買している洪羅は、蘭珏が南棟（なんとう）国に向けて書いた密書を入手しており、蘭珏はそれを奪還しなければ売国奴として処刑される危機にあった。洪羅を何とか酒楼へ引き入れ、腰帯につけた密書入りの玉を奪おうと策を仕掛ける蘭珏だが、科挙のために上京し、麺屋台を開いて糊口（ここう）をしのぐ推理好きの若者・張屏（ちょうへい）にことごとく阻まれてしまう。

伴月（はんげつ）楼の舞姫・謝好（しゃこう）が舞台上で殺され、蘭珏の誕辰（たんしん）祝いの宴（うたげ）に集まった高官のうちの誰かが売国奴だとにおわせる血書が観客の前でさらされた。謝好の手を借り、密書の入った玉を洪羅から奪う計画だった蘭珏は、自分と礼部尚書（しょうしょ）の座を争っている郭允（かくいん）の謀略が明るみに出るよう仕向ける。伴月楼にお忍びで来ていた皇太后が事件捜査に目を光らせる中、蘭珏は親友の刑（けい）部侍郎・王硯（おうけん）を呼び寄せ、張屏よりも先に玉を見つけだそうとする。

伴月楼の楽工（がっこう）・含煙（がんえん）が郭允と男女の仲にあり、お腹の子を流産していたことを知った蘭珏は、含煙の口から郭允の企みを語らせようと、取り引きを持ちかける。皇太后に命じられ、殺された謝好の死の真相を探っていた張屏も、舞台裏で見つけた髪油を手がかりにして、含煙の犯行を突き止める。皇太后の前で張屏に尋問された含煙は、謝好殺しを認めたうえに、蘭珏が敵国と通じ、腰帯の玉の中に忍ばせた密書を送ったと告発。蘭珏は窮地に陥る。

己と父を告発する血書が衆目にさらされ、追い詰められた蘭珏。しかし蘭珏は、その血書から推理を重ね、犯人が璃娘（りじょう）であることを突き止める。とはいえ、もし密書の件が暴かれれば蘭珏は死罪となるため、璃娘を皇太后に差し出すわけにはいかない。そこで含煙に大芝居を打たせ、何とか事なきを得る。胸をなで下ろしたのも束の間、今度は捕縛したはずの璃娘にさらわれてしまう。絶体絶命となった蘭珏の前に、事件の真相を追う張屏が現れて…。

忠魂（ちゅうこん）丘で璃娘に背中を斬られて倒れた張屏を、自分の屋敷に運んで介抱した蘭珏は、密書にまつわる秘密が外へ漏れるのを恐れ、張屏と彼の友人・陳籌（ちんちゅう）の足止めを図る。従者の旭東（きょくとう）と協力して、何かと言いがかりをつけては屋敷に留めようとする蘭珏に対して、張屏は強く反発する。張屏が「鏡花水月（きょうかすいげつ）」の術を使い、人の記憶を蘇らせることができると王硯に聞き、亡き父と関わりのある異族の女の記憶を取り戻したい蘭珏は、張屏を訪ねて話を持ちかける。

画聖の前で煙術を使った舞を披露していた戸（こ）部尚書の娘・楚啓児（そけいじ）が、突如奇怪な死を遂げた。現場には、王硯だけでなく張屏も現れて捜査を開始。王硯と張屏は、どちらが先に事件を解決するか賭けをしていたのだ。遺体の状態から毒殺だと推理した張屏だったが、犯行の手口が分からない。張屏は暗渠（あんきょ）にこぼれていた頬紅を発見し、これが事件の鍵になると思われたが、蘭珏に捜査を邪魔されたあげく、犯人検挙で王硯に先を越されてしまう。

楚啓児を殺した犯人が礼部尚書・龔頌明（きょうしょうめい）の孫娘､龔毓貞（きょういくてい）だと踏んだ張屏は、蘭珏の屋敷の前で張り込んだ末に、龔毓貞との接触に成功する。張屏は龔毓貞に自首するよう促したが、蘭珏の邪魔が入り、事件解決には至らない。一方､蘭珏は龔頌明を訪ね､事件を材料に龔頌明を脅して自分を礼部尚書に推挙するよう仕向ける。しかし、龔頌明からある真実を打ち明けられ、蘭珏は激しく動揺する。その後、屋敷に帰った蘭珏は､龔毓貞の失踪を知り…。

楚啓児が殺された事件と、古書に書かれた伝説との関連に気づいた蘭珏と張屏の前に、新たな犠牲者が現れた。封（ほう）家の四つ子の兄弟が殺害され、1人の死体と、残る3体からも頭部と6本の腕が持ち去られていた。殺害現場へは外からの侵入が難しいため、室内を調べていた張屏は、隠れた地下道があることを発見。犯人がそこから死体を持ち去ったと推測し、蘭珏と共に後を追う。地下の暗渠で洞穴を見つけた2人は、そこで黒衣の怪しい男の姿を目にする。

蘭珏と王硯は、張屏が残した謎めいた言葉を手がかりにその行方を追っていた。一方、埋葬人こそ一連の毒殺事件の犯人だとにらんだ張屏は、あえて埋葬人について行ったが、気絶させられ、埋葬人の巣窟に連れ込まれてしまう。実は、埋葬人が選んだ典獄（てんごく）の聖とは大理寺卿（だいりじきょう）・陶周風（とうしゅうふう）ではなく張屏だった。埋葬人は犯行の動機について六聖賢を造化の神にささげるためだと明かす。つまり35年前、友と交わしたある約束を果たそうとしていたのだ。

司天監（してんかん）の監正（かんせい）・玄機（げんき）が、建設中の渾天儀（こんてんぎ）の最上部に金の鳳凰（ほうおう）を飾ろうと提案する。しかし太傅（たいふ）の柳羨（りゅうせん）は、永宣（えいせん）帝をないがしろにする行為だと非難し、皇太后を牽制（けんせい）する。一方、張屏は埋葬人の事件以降、血霧（けつむ）のことや六聖賢の伝説を吹聴した人物のことで頭がいっぱいだった。張屏は、埋葬人が蘭珏の父と面識があったことなどから、今回の事件が20年前の事件と関わりがあると推理。蘭珏に窮地を救ってもらったお礼に粽（ちまき）を作り、ある頼み事をしようとする。

張屏の「鏡花水月」の術によって、心の中をさらけ出した蘭珏は、父の蘭林（らんりん）が南方へと旅立つ直前、屋敷にやって来た謎の女の記憶をたどる。女が胸の前に下げていた飾り物を思い出した蘭珏だが、なぜか張屏はその模様までを克明に描いて見せ、蘭珏を驚かせる。翌日、張屏の麺屋台に、大勢の従者を連れた富豪の子息らしき若者がやって来た。麺を注文された張屏は若者の不遜な態度が気に入らず、追い返そうとするが、若者は意外な行動に出る。

鳳凰の血の涙の件を聞いた張屏は真相を探るため、千秋儀（せんしゅうぎ）の普請場に潜り込む。そして鳳凰の頭が偽物であることを暴いたが、工（こう）部の王大匠（おうだいしょう）に身柄を拘束されてしまう。何とか放免されるも、都では、鳳凰の頭が消えたのは皇太后への天罰だという流言が飛び交い始める。張屏が流言を広めた張本人だとにらんだ王大匠は、張屏を拷問にかけ、自白をするよう脅迫。頑として屈服しない張屏が命を失いかけた時、蘭珏が現れて間一髪で救うのだが…。

張屏は鳳凰の頭が巨大な天灯（てんとう）で雲霄（うんしょう）山に運ばれ、山中に隠されていると読み、蘭珏、王硯らと共に雲霄山へ向かう。案の定、巨大天灯や鳳凰の頭は見つかったが、犯人である普請場の熟練工・常巍（じょうぎ）は、取り調べの最中に吐血し死んでしまう。重要参考人が死に、猶予である2日間で事件解決ができなかった張屏と蘭珏は、連行され、投獄されてしまう。だがその直前に、蘭珏はある物を王硯に託し、命懸けの勝負に出ていたのだった。

常巍が死んだことで、父の冤罪（えんざい）を晴らす手がかりを失った蘭珏は、悲嘆のあまり胃病を再発させる。食べ物を口にしない蘭珏のために、張屏は陳籌と2人で蘭（らん）府に押しかけ、料理の腕をふるって食事療法に没頭する。命の恩人の蘭珏への恩返しに、高価な薬を買おうと薬房を訪れた張屏は、店員が調合している生薬が、死んだはずの玄機が服用していた動悸（どうき）の薬と分量までぴったり同じであることを発見。玄機が生きているのではないかと疑う。

張屏と蘭珏は隠し部屋にいた玄機を捕まえ、摩籮（まら）村の一件の真相を問いただす。玄機によれば、摩籮族の妖女が蘭珏の父を操って罪を犯させたという。玄機は張屏が持っていた水器を見て、張屏こそ妖女の息子だと断言。張屏が摩籮族の印を克明に描けたことから、蘭珏も玄機の言葉を信じざるを得ない。その時、刺客が現れて玄機は凶刃に倒れてしまう。貴重な生き証人の玄機を失った蘭珏は、父親の名誉回復のため、ある非情な決断を下す。

蘭珏は父の冤罪を晴らすべく、玄機を装い偽の謝罪状を書き始める。しかし迷いや後ろめたさから、張屏の名を書こうとするとうまく書けず、失敗を繰り返すのだった。やがて蘭珏は幻覚を見るほどに心が乱れていくが、あることを機に正気を取り戻していく。一方、西川（せいせん）郡に戻った張屏は、師匠に自分の出自について尋ねるが何度もはぐらかされ、いらだっていた。ある日、張屏は師匠と共に下山した際、師匠の秘められた意図に気づく。

都の郊外にある鏡（きょう）湖に、鏡湖先生を名乗る謎めいた人物が現れた。科挙を控えた書生たちの悩みを見抜いて解決し、さらに未来を予知してくれるという鏡湖先生の評判を聞き、大勢の書生が鏡湖に駆けつけた。故郷から都に戻ってきた張屏（ちょうへい）は、鏡湖先生に会って教えを受けたという書生を訪ね、鏡湖先生が張屏と同じ水器を持ち、「鏡花水月（きょうかすいげつ）」とよく似た術を使うことを知る。張屏は、鏡湖先生と摩籮（まら）族に何か繋がりがあるのではないかと関心を抱く。

蘭珏（らんかく）が首席試験官を辞しても科挙の騒動は収まらなかったため、雑役の楊（よう）が目隠しをして論題を引くことになった。こうしてようやく科挙が始まったが、張屏は鏡湖先生のことが気になってならない。そこで挙子（きょし）の陳子觴（ちんししょう）の家を訪ねるが、彼はすでに息絶えていた。囚われの身となった蘭珏が鏡湖先生の詩について思索していた時、張屏も陳子觴殺害に関する証拠を蘭珏に渡すため牢（ろう）へやって来る。そして2人は、鏡湖先生の詩に隠されたある秘密に気づく。

張屏は独自の捜査の末に、江南郡守（ぐんしゅ）の息子で皇太后の未来の姪婿・馬廉（ばれん）が、科挙前夜に亡くなった陳子觴の死に関わっている証拠をつかむ。しかし大理寺卿（だいりじきょう）の陶周風（とうしゅうふう）は、馬廉の関与を否定し、すでに判決は下したとして、再審の要求を突っぱねる。納得のいかない張屏は、陳子觴の隣人の証言から馬廉への疑惑を確信に変え、事件当夜に一緒だったという芸妓・結香（けつか）の証言を得ようと伴月（はんげつ）楼に向かう。するとそこに蘭珏も来ており…。

馬廉による科挙の不正を隠蔽した陶周風は、投獄され死刑を待つ身となった。馬廉の口から、高官が無罪にしてくれる手はずだったと聞いた蘭珏は、実は陶周風も20年前、摩籮村が滅亡した事件に関与したのではないかと疑う。その夜、張屏の家に鏡湖先生が現れ、一連の事件がすべて摩籮村に関わることを自ら明かす。翌朝目覚めた張屏は、存在するはずのない「奇詭夜談（ききやだん）」の第50巻を手にしており、その幻の本が示す謎に気づく。

摩籮村の事件の黒幕が皇太后だと知った蘭珏は、皇太后のもとに間者を送り、真相を突き止める決意をする。張屏も熟慮の末、蘭珏と調査を続けるという決断を下す。一方、雍（よう）国が南棟（なんとう）国に侵略されたため、王硯（おうけん）は出征を願い出るが、重臣の反対に遭って一蹴される。その晩、伴月楼に現れた皇太后はなぜか侍衛をそばに置かず、観客の中に紛れ込ませていた。蘭珏たちは数々の異変から、復讐（ふくしゅう）をもくろむ鏡湖先生が皇太后を呼び出したと推理する。

皇太后が拉致され、放火事件に巻き込まれた。摩籮村の事件に関連すると考えた蘭珏と張屏は、放火事件の現場となった呪禁（じゅごん）科で手がかりを探すが、捜査中に謎の毒に当たり気を失ってしまう。その後2人は辜（こ）という人物によって助けられ、蘭（らん）府に送り届けられるが、蘭珏は助けてくれた人物が10年前に姿を消した親友の辜清章（こせいしょう）だと直感。蘭珏は張屏に辜清章との間に起きた昔の出来事を語り始める。張屏は辜清章に対して、ある違和感を覚え…。

皇太后を襲った法陣の謎を解くため、蘭珏は呪禁科で拾った書物の切れ端を手がかりに、書かれた謎の字の解読に取り組む。字を目にした辜清章は、かつて知り合った僧の持つ書物にあったと蘭珏に告げる。僧の居所を突き止めた蘭珏は、法陣が30年前に皇太后の命で呪禁科が敷いたものと同じだったことを知り、当時は赤子だった皇帝が、すり替えられていた可能性に思い当たる。そんな時、都では「本物と偽物の龍」の落書が人々を騒がせていた。

己をこよなく愛してくれた師匠を金吾衛（きんごえい）に惨殺された張屏。しかし真っ向から皇太后や金吾衛と戦っても勝ち目がないことを知り、真相を突き止めることで復讐を果たそうと決意する。まずは故郷である摩籮村を探し出すため、南方の国境の密林へとやって来たが、気を失って倒れてしまう。幸いにも出征していた王硯に出会い救われたものの、南棟国の攻撃に遭遇。王硯らと必死に逃げるうちに、張屏の脳裏にはある光景が浮かび始め…。

張屏は、故郷・摩籮村にある聖なる湖に着いた途端、自らの心の中に入り込んでしまう。張屏は、心の中に出てきた生前の母親や幼い頃の自分、蘭林（らんりん）たちを目の当たりにし、ついに20年前の真相を知るのだった。一方の蘭珏は、10年前、偶然知り合ったと思っていた辜清章が、実は自分にわざと近づいていたことを知り、不信感を募らせる。蘭珏が意を決して問い詰めると、辜清章はある驚きの事実と、恐るべき計画を語り出し…。

父の無念の死や摩籮村の全滅は皇太后が黒幕だったことを知った蘭珏は、皇太后への復讐に心を突き動かされる。だが父から受けた「君子の品格」の教えが頭をよぎり、皇太后を殺した後の国の動乱を思い、己の復讐か、または世の安寧かの狭間で思い悩む。摩籮村で過去の真相を知った張屏は密かに都へ戻るが、官兵から追われる身に。陳籌（ちんちゅう）にかくまわれたものの、何としても蘭珏に会い過去の真相を告げるため、こっそり家を抜け出す。

辜清章の策略により、張屏は皇太后殺害の犯人に仕立て上げられてしまう。一方、辜清章こそ真の天子だと知った太傅（たいふ）・柳羨（りゅうせん）は自責の念に駆られていた。そして辜清章の提案どおり、千秋儀（せんしゅうぎ）の落成式典と皇太后の葬儀を併せて行うよう手配する。蘭珏は辜清章の恐るべき陰謀を耳にし、国を守るため張屏を釈放すべきだと金吾衛の統領・曹征（そうせい）の説得を試みる。牢を出された張屏は、蘭珏と曹征に皇太后についてのある推理を語り始める。

宮中では皇太后の葬儀が行われていた。しかし儀式の最中、納棺されたはずの皇太后の遺体が、摩籮族の冤罪（えんざい）を訴える血書を纏い、殿外に出現する。朝廷は大騒ぎとなり、柳羨は玉牒（ぎょくちょう）を根拠として辜清章を真の皇子だと宣言。新たな皇帝として迎えようとするのだった。辜清章の真の狙いを知る蘭珏は、短剣を振りかざして辜清章の即位を阻もうとするが、失敗に終わってしまう。万事休すと思われたその時、死んだと思われた張屏が姿を現す。

辜清章が曇花（どんげ）の中に仕込んだ毒の粉末が、開花と同時に拡散され、寧安（ねいあん）の街は赤い霧に覆われた。雨さえ降れば毒の拡散を止められると思いついた張屏は、山上から大量の塩を大砲で空中に放ち、雲を作ることを提案。蘭珏と共に都の民衆を山へと誘導し、さらに塩集めに奔走する。皇太后を連れ去った辜清章は、過去の過ちへの謝罪を求めるが、皇太后に冷淡にあしらわれる。失意の辜清章が立ち去ろうとした時、皇太后は思いがけない言葉を口にする。